En la segunda década del siglo XX inicia la enseñanza de la enfermería, llegando algunos médicos en la entidad queretana con la formación académica en Cirugía y Atención Hospitalaria, enfrentándose a la necesidad de adiestrar personal de enfermería para cubrir los huecos que existían, interesándose también por la preparación de las parteras; A finales de 1928 el Dr. Esteban Paulín González, siendo diputado, presentó su proyecto de ley  ante la Vigésima Novena Legislatura del Estado para crear la Escuela de Enfermería y Obstetricia. Dicho proyecto fue aprobado y publicado un año después, el 25 de diciembre de 1930, siendo su primer director el Dr. Esteban, que a su vez, era director del Hospital Civil de Querétaro situación que aprovechó para pedir la colaboración del personal médico que laboraba en él.

En el año 1951 surge el proyecto de creación de la Universidad, siendo participe la Escuela de Enfermería, sin perder su sede de funcionamiento en el Hospital Civil de Querétaro, culminando en el año de 1965.

Directores que forman parte de la historia en la administración de la Facultad de Enfermería:

- Dr. Emilio Saldaña Caro (Director de 1965 a 1967)

- Dr. Mario Cabello Rangel (Director de 1967 a 1971)

- Dr. Enrique Rabell Fernández (Director de 1971 a 1975)

- Dr. Rafael Montes Rodríguez (Director de 1975 a 1977)

- Lic. en Enfermería Rosa María de la Vega (Directora de 1977 a 1981)

- Enf. Juana Sánchez Cabrera (Directora de 1981-1987)

- Lic. Enf. Ma. Eugenia Peñaloza Servien (Directora de 1987 a 1994)

- M. en C. María Alejandrina Franco Esguerra (Directora de 1994 al 2000)

- Dra. Aurora Zamora Mendoza (Directora del 2000 al 2006)

- M. en C. Raquel Acuña Cervantes (Directora del 2006 al 2008)

- Lic. en Enf. Maria Eugenia Peñalosa Servien (Directora del 2008 al 2009)

- M. en C. Gabriela Palomé Vega (Directora 2009-2015)