En la gestión del M.I. José Alfredo Zepeda Garrido, rector de la máxima casa de estudios y de la directora de la Facultad de Enfermería la M.C.E. Alejandrína Franco Esguerra, se inicia con el proyecto de la apertura de la carrera técnico en enfermería, el cual fue presentado en el Consejo Académico en abril y aceptado en mayo de 1997 por el Consejo de Planeación, posteriormente es aprobado por el Honorable Consejo Universitario en mayo del mismo año.

Este proyecto tuvo como objetivo el satisfacer la demanda de enfermeros a nivel técnico en las instituciones de salud que lo requerían, además de contribuir con la profesionalización de enfermería en el municipio y así cumplir con un compromiso de la universidad al extender sus servicios académicos a los municipios del Estado.

En julio de ese año, inicia sus actividades académicas en el campus San Juan del Río, contando con la presencia y apoyo del Rector, la Directora y el Coordinador General del Campus, el ingeniero Arturo Bautista Ángeles, quedando a cargo la coordinación la L.E. Lizbeth Araceli Plaza Pedraza. La carrera de técnico en enfermería, se imparte, en las instalaciones de la Facultad de Ingeniería Electromecánica, gracias al valioso apoyo del Coordinador el Mtro. Wenceslao Ortiz Vargas.

El plan de estudios contempla un ingreso anual y el primer ciclo 1997-1998, ingresaron 40 alumnos (33 mujeres y 7 hombres). Éste programa se mantuvo hasta 2002 donde ingresa su última generación. Se reanuda el programa de técnico en enfermería semi-escolarizado en el año 2005 hasta el 2009 que egresa la última generación.

En agosto de ese mismo año, se apertura la carrera de Licenciatura en Enfermería con el fin de preparar profesionales en enfermería con licenciatura. En esta primera generación ingresan 32 estudiantes (26 mujeres y 6 hombres), con el plan de estudios ENF2004, la gestión estuvo a cargo de la M.C.E. Gabriela Palomé Vega, se construye el edificio que alberga actualmente la Licenciatura en Enfermería, en el campus San Juan del Río, se inaugura el 01 de octubre de 2010, por el ciudadano gobernador constitucional del estado de Querétaro el Licenciado José Francisco Calzada Rovirosa y el rector de nuestra máxima casa de estudios el M. en A. Raúl Iturralde Olvera y la M.C.E. Gabriela Palomé Vega Directora de la facultad.

La primera coordinadora del programa de la Licenciatura en Enfermería SJR, la L.E. Rosa Reyna Ugalde Alegría en el 2009.

La sucesora la L.E.O. Rosa María Isabel Bartolo Mejía, en el periodo 2009-2010, fue la inauguración, equipamiento y habilitación del nuevo edificio (salones, laboratorios, coordinación, auditorio). En el 2010 se inicia la nivelación de Nivel Técnico a Licenciatura en Enfermería en el sistema semi-escolarizado, se realiza el primer Diplomado de actualización con opción a titulación para egresados de nivel técnico, se participa en la reestructuración del Plan de estudios ENF-2011, inicia la gestión de campos para: la práctica III Cuidado del Adulto Mayor en asilos, Centros de día, campos para la práctica V Salud y Seguridad en el Trabajo con empresas públicas y privadas; se establece que se realizarán graduaciones de Nivel Técnico y Licenciatura en Enfermería al termino del Servicio Social.

La tercera Coordinadora fue la L.E. Magdalena Delgado Nava periodo 2011-2015, en este periodo se inaugura el Centro de Cómputo, queda de encargado el I.S.C. Julio Cesar Zamudio Montalvo, se gestiona campo clínico para la práctica VI Cuidado de la Salud Comunitaria siendo sede las Unidades de Medicina Familiar del IMSS. Se amplía la plantilla con la contratación de nuevos Docentes, inicia la apertura de Clínica ENSAIN equipamiento y contratación de personal; así como cursos de actualización a docentes, se participa en el PIFI del Campus SJR, obteniéndose 2 computadoras y 3 proyectores. En Agosto 2014 se obtiene el primer Tiempo Completo a través de Concurso por Oposición Cerrado para ocupar una Plaza de Tiempo Completo por Tiempo Indeterminado como resultado de esto se designa el primer Responsable de Servicio Social.

Se asigna nuevamente la coordinación a la L.E.O. Rosa María Isabel Bartolo Mejía 2015-2018, en este periodo se abren el programa de Tutorías, se gestionan y abren las áreas Prácticas Clínicas, Educación Continua, Prácticas Comunitarias, se recontrata a responsable de Almacén y Laboratorios, al final el área de Seguimiento de Egresados. Docentes, estudiantes y egresados colaboran con la Licenciatura en Enfermería CU en la reestructuración del Plan de Estudios ENF-2017. Se inician diplomados de actualización con opción a Titulación; así como cursos de actualización a docente, se participa en el PIFI del Campus SJR, obteniéndose 1 computadora, 2 proyectores, 1 bomba de infusión, electrocardiograma, incubadora y autoclave de vapor.