De primera instancia la FEN se adscribe a los convenios macros que ha promovido la Universidad Autónoma de Querétaro con las instituciones de salud del estado. Sin embargo, actualmente se están promoviendo los convenios específicos de colaboración con diversas instituciones de salud del sector privado del estado. Así como con instituciones públicas y privadas a nivel nacional, de tal forma que los estudiantes del programa de la Maestría en el Manejo Clínico Avanzado de Heridas, Estomas y Quemaduras, puedan vincularse en la estancia profesional con organizaciones que atiendan directamente a demandas específicas del paciente/usuario y/o familia con lesiones agudas y crónicas además de estomas, con el fin de promover el desarrollo de trabajos colaborativos entre las instituciones involucradas. A continuación, se hará mención de algunas de las instituciones con las que se estaría vinculando el estudiante y cuerpo docente de la FEN:

● Nivel estatal:

Secretaría de Salud del Estado de Querétaro (SESEQ).
Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (ISSSTE).
Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS).

● Nivel nacional:

Centro Estatal de Cuidados Críticos y la Unidad de Quemados de Salamanca Guanajuato
Hospital Central Pemex Norte.
Hospital Juárez de México.
Hospital General Dr. Manuel Gea González.
Hospital General Dr. Rubén Leñero.
Hospital General Enrique Cabrera (SSA).
Hospital Infantil de México Federico Gómez.
Hospital Regional. General Ignacio Zaragoza (ISSSTE).
Hospital Dr. Darío Fernández Fierro (ISSSTE).
Hospital de Xochimilco.
Hospital Pediátrico de Tacubaya.
Hospital Naval de Alta Especialidad.
Hospital Belisario Domínguez.